Djelovanje Zaklade Josip Sruk Sekularist usmjereno je ka promoviranju i unaprijeđenju sekularnosti u Republici Hrvatskoj kroz mrežu međunarodne suradnje s fizičkim i pravnim osobama te kroz trajnu afirmaciju obrazovanja u borbi protiv dogmatske isključivosti, zabluda i praznovjerja u javnom i kulturnom prostoru. Zaklada podupire rad udruga i inicijativa za zaštitu prava ireligioznih osoba, kao i prava na slobodu vjere i slobodu od vjere. Religijska pripadnost poima se time kao privatna a ne javno relevantna stvar u donošenju odluka od civilnog značaja za zajednicu, po načelu odvojenosti religije od države.